Po odebraniu z magazynu, jajka powinny zostać przeniesione do osobnego pomieszczenia – gdzie należy umyć je w ciepłej wodzie z dodatkiem antybakteryjnego środka czyszczącego. Taki sposób przygotowywania jaj do dalszego użytku w daniach jest wystarczający jedynie podczas używania jaj w daniach w stanie przetworzonym (ugotowane, usmażone). Jeżeli jednak jaja mają być używane w potrawach w stanie surowym, należy dokonać ich sterylizacji. Istnieje kilka głównych sposobów na przeprowadzenie tego procesu, różniących się trudnością wykonania, czasem itp. Do najpopularniejszych sposobów należy dezynfekcja termiczna, polegająca na wyparzaniu jaj, poprzez umieszczenie ich w wodzie powyżej 90 stopni Celsjusza na około 10 sekund. Innym popularnym sposobem jest dezynfekcja chemiczna – jaja spryskiwane są środkiem chemicznym (jednym z najczęściej używanych jest Virkon), a następnie opłukiwane są pod bieżącą wodą. Coraz większą popularność zdobywa dezynfekcja przy użyciu promieniowania nadfioletowego – urządzenia tego typu, tak zwane naświetlacze do jaj pozwalają na szybką i skuteczną sterylizacje jaj – umieszcza je się we wnętrzu urządzenia, następnie uruchamia je na kilkadziesiąt sekund, po czym jaja od razu nadają się do spożycia. Przyszłością w dużych zakładach gastronomicznych czy cukierniczych jest dezynfekcja całych pomieszczeń przy użyciu lamp wytwarzających promieniowanie nadfioletowe. Obecnie, najczęściej używane są w zakładach farmaceutycznych, szpitalach itp., krótko mówiąc – we wszelkiego rodzaju miejscach, w których wymagana jest sterylność powietrza oraz pomieszczenia. Jednak także w niektórych lokalach gastronomicznych stosuje się te właśnie metodę. Warto także pamiętać, że nawet po dezynfekcji, przed użyciem jaj, należy rozbić je do osobnego naczynia, w celu sprawdzenia czy z jajkiem jest wszystko w porządku – jeżeli zaobserwujemy, że coś jest nie tak, należy je wyrzucić, a następnie umyć i zdezynfekować zarówno ręce jak i naczynie.
